החברה להגנת הטבע (נוסדה בשנת 1953) היא עמותה ציבורית, הפועלת שלא למטרת רווח (מלכ"ר) וייעודה שמירה על הסביבה, על ערכי הטבע והנוף ועל המורשת ההיסטורית-תרבותית של האדם בישראל. החברה זכתה בפרס ישראל בשנת 1980 על תרומה מיוחדת לטובת המדינה והחברה בכללה. כיום חברים בחברה להגנת הטבע למעלה מ-65,000 יחידים ומשפחות.

חיים וסביבה היא עמותה (הוקמה בשנת 1975) הפועלת כארגון גג של כ-130 ארגוני סביבה שונים בישראל. הארגון מנוהל באמצעות ועד מנהל המורכב מנציגי ארגונים, הנבחרים באסיפה הכללית של העמותה. הוועד המנהל מהווה מקום להתייעצות תנועתית בשאלות וסוגיות עקרוניות, וזירה המאפשרת לארגונים לגייס את התנועה למאבקים סביבתיים.

אדם טבע ודין היא עמותה ישראלית (הוקמה ע"י אלון טל בשנת 1990), עוסקת בשימור והגנת הסביבה. העמותה משלבת גורמים מדעיים ומשפטיים מקצועיים ומכוונת לשימור אינטרס השמירה על איכות הסביבה בישראל.

העמותה מעסיקה 26 עובדים בשכר ומתנדב אחד. סגל העמותה מורכב מעורכי דין, אנשי מדע ועובדים אדמיניסטרטיביים. העמותה אינה מתוקצבת על ידי הממשלה, אך נכון לשנת 2016 מקבלת מעיריית תל אביב- יפו תמיכה כספית בסך כ-22,500 ₪, נוסף על הקלות בתשלום הארנונה. העמותה מקבלת כ- 70% מתקציבה, המונה 1.2 מיליון דולר, מקרנות אמריקאיות. רוב תקציבה של העמותה לשנת 2016, מעל מיליון שקלים, הושקע במטרות קידום חקיקה בנושאי פסולת, מים ואנרגיה מתחדשת. מאות אלפי שקלים נוספים הושקעו במלחמה בתעשיות וכימיקלים מזהמים, קידום תשתיות תחבורה ציבורית ותמיכה בקהילה.

מגמה ירוקה ארגון סטודנטים עצמאי, התנדבותי ולא מפלגתי הפועל לקידום נושא איכות הסביבה בישראל. הם פועלים מתוך מטרה לפתח תחושת אחריות לנושאים סביבתיים בקרב קהל הסטודנטים והציבור בכלל, ולפעול לפתרון מפגעים סביבתיים.

הקואליציה לבריאות הציבור הוקמה כקואליציה של ארגונים סביבתיים בשנת 2001, מתוך זיהוי בעיה משותפת המיוחדת לאזור חיפה והצפון - תמותה ותחלואה ממחלות לב, שבץ מוחי וסרטן בשיעורים גבוהים במיוחד מהממוצע הארצי. מחלות אלו נגרמות גם מזיהום סביבתי שהוא גבוה במיוחד באזור מפרץ חיפה והצפון.

בשנת 2005 הפכה הקואליציה לעמותה רשומה, שאגדה בתוכה ארגוני סביבה מקומיים וארציים, חוקרים מתחום איכות הסביבה מאוניברסיטאות שונות, רופאים מדיסיפלינות שונות, כגון אונקולוגיה, קרדיולוגיה ובריאות הציבור, יועצי איכות סביבה מהמגזר הפרטי, ועדי פעולה ותושבים שמתעניינים בנושא.

הקואליציה לבריאות הציבור הייתה העמותה הראשונה שהעלתה למודעות הלאומית את חשיבות זיהום האוויר והשלכתו על הבריאות. חומרים שנכתבו בעמותה לאורך שנות פעילותה מלווים כל מאבק סביבתי גדול כיום, ומסייעים בידי הציבור לדאוג לבריאותו וסביבתו. מאבקים כאלו הם למשל, המאבק להבאת גז טבעי אל מפרץ חיפה, המאבק שהיה כנגד הקמת תחנת כח פחמית באשקלון, מאבק נגד הקמת מכרה פוספאטים בשדה בריר, מאבק נגד הקמת מתקנים לעיבוד גז טבעי על הקרקע ולא בים, ואחרים.

את הקואליציה ייסדו יחדיו, ד"ר ג'אמס קריקון, שהיה מומחה לצמחים, וד"ר סטיב גרנט, ד"ר להנדסת כימיה.

לאחר פטירתו של ד"ר ג'ימי קריקון הוחלט לסגור את העמותה. חלק מהחברים רצו להמשיך בפעילות. בשנת 2013 זכתה העמותה בפרס יושב-ראש הכנסת לאיכות החיים, ובשנת 2016 ביחד עם ארגוני סביבה נוספים הפעילים במפרץ חיפה, זכתה הקואלציה לבריאות הציבור בפרס הגלובוס הירוק.

חרף המאמצים לייצב מחדש את הקואליציה נתגלו בעמותה אי-סדרים והיא לא קבלה אישור ניהול תקין.
ר' המלצות ועדת הביקורת

תנועת אומ"ץ (הוקמה 2003) היא עמותה הפועלת בישראל ונאבקת נגד הקשר ההדדי בין הון ושלטון, נגד השחיתות ולמען שוויון הכול בפני החוק. העמותה הוקמה כשדרוג לעמותת אמיתי, שהפסיקה לפעול, בשל אי סדרים. בהודעת ההקמה נאמר שהעמותה הוקמה עקב מה שחבריה רואים כשימוש ציני בנושאים ביטחוניים ומדיניים לעסקיהם הפרטיים של כמה מקברניטי המדינה ומקורביהם, וחדירת גורמים פליליים למערכת הפוליטית הממלכתית והמקומית. זוהי עמותה א-פוליטית וא-מפלגתית, המתקיימת מתרומות ומדמי חבר, ללא תקצוב מהמדינה, וחבריה פועלים בהתנדבות. בראשה עמד העיתונאי אריה אבנרי עד לפטירתו.

בשנת 2008 אומ"ץ התנערה ממחויבותה לפעילוית הנ"ל, לאחר שעלה חשד לניהול לא תקין בעמותה.